名前の由来
名前の由来については、宋での修行から帰国した鎌倉時代の僧、心地覚心(法燈国師)が1254年に帰朝し、請われて紀州由良(現:和歌山県日高郡由良町)の鷲峰山興国寺の開山となったため、その近傍の湯浅(現:和歌山県有田郡湯浅町)に伝えた「径山寺(きんざんじ)味噌」が起源とする説が有力ですが、空海(弘法大師)が唐の金山寺(中国語版)から持ち帰ったとする説もあります。
江戸に広まったのは、紀州徳川家から徳川吉宗が8代将軍となり、幕府に献上されたからだと考えられています。2008年3月20日、和歌山県岩出市の根来寺旧境内から、約430年前の金山寺味噌が見つかりました。